O HCPA atua em conformidade com a Lei Geral de Proteção de Dados Pessoais (Lei 13.709/2018), que estabelece regras para o uso de dados da instituição para pessoas da comunidade interna e externa. O hospital mantém em seu organograma instâncias que monitoram os riscos envolvidos e aplicam as medidas cabíveis em situações de irregularidade. Uma delas é a Comissão de Segurança da Informação e Comunicações (Csic).

A adequação do HCPA à LGPD foi auditada pelo Tribunal de Contas da União em 2024 e, em agosto de 2025, foi emitido o relatório com o resultado da avaliação. Entre as 387 organizações públicas federais auditadas, somente 67 estão no nível mais alto, o Aprimorado, que foi alcançado pelo Clínicas com 80,97% de adequação à LGPD. A conquista demonstra a maturidade dos controles realizados pela instituição. 

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