Os pacientes do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA) que necessitam de tratamento odontológico recebem atendimento nas áreas de Estomatologia, Odontotransplante e Buco-maxilo-facial. 

A Estomatologia é uma especialidade da Odontologia que tem como objetivo a prevenção, o diagnóstico e o tratamento das doenças da boca e de suas estruturas anexas. Atua também nas manifestações bucais de doenças  sistêmicas e no diagnóstico e a prevenção de doenças sistêmicas que possam eventualmente interferir no tratamento  odontológico. A equipe de Estomatologia é composta por professores tutores e residentes, contando, eventualmente com estagiários. O horário de funcionamento do ambulatório é das 8h às 12, de segunda a sexta.

Na área de Odontotransplante, é feita avaliação prévia ao transplante e, caso seja necessário, o tratamento para que o paciente esteja em plenas condições de fazer o procedimento.

Já a Unidade Buco-maxilo-facial atende pacientes com indicação de tratamento cirúrgico de doenças, traumatismos, lesões e anomalias congênitas e adquiridas do aparelho mastigatório. 

Além disso, o hospital conta com um ambulatório, localizado no subsolo, na zona 18. Os profissionais que atuam na unidade têm papel fundamental no diagnóstico e tratamento de patologias bucais e também no suporte a pacientes em tratamento radioterápico e quimioterápico, contribuindo para a saúde integral do indivíduo. 

Não são feitos no hospital tratamentos de gengiva, tratamentos de canal e restauração de dentes.